Falar da Namaacha é recordar o início da presença das Filhas de Maria Auxiliadora em Moçambique, sendo considerada, neste país, o berço desta congregação e, ainda hoje, o ponto de referência de todas as Filhas de Maria Auxiliadora, uma vez que se localiza junto do Noviciado.

Em 1964 iniciou-se a construção deste colégio a pedido de um grupo de Irmãs. E, a 4 de Maio de 1966, com a conclusão da construção, iniciou-se a sua atividade. Inicialmente era apenas composto por uma escola até ao 5º ano de escolaridade e por um internato para meninas cujos pais viviam longe.

Em 1975, com a independência de Moçambique, o colégio foi nacionalizado, deixando de ser gerido pelas Filhas de Maria Auxiliadora. O nome do Colégio Maria Auxiliadora foi alterado para Escola Secundária da Namaacha, sendo composto por um internato misto de 400 alunos. No entanto, o ambiente estudantil em conjunto com as dificuldades do próprio Governo e a super-lotação de jovens, com os quais não houve uma preocupação a nível de formação individual, levaram à rápida deterioração da estrutura tornando-se o colégio inabitável.

Com o Acordo de Paz e a devolução de alguns bens à Igreja, em 1995, o colégio foi devolvido, mas era necessário um grande investimento para o tornar funcional. Assim, em 1997 reiniciaram-se as atividades com a abertura da Escolinha Infantil e em 2000 a escola mista e o internato feminino.